Сегментирование костей из DICOM срезов в 3D slicer

Загрузив DICOM срезы в 3D slicer открываем Segment Editor 

В появившемся окне нажимаем кнопку Add и добавляем слои

Таким образом мы создали два слоя, которые пока ничего не содержат. При желании их можно переименовать.

Теперь нам необходимо разметить на срезах где структуры нашего интереса, а где то, что необходимо оставить за пределами построения 3д модели. Для удобства работы лучше вывести одну проекцию на весь экран.

Далее выбираем инструмент Paint

  На нескольких срезах обозначаем зону сегментирования и остальную область

Завершив обозначение зон интереса выбираем кнопку Grow From Seeds

Отрегулировав Seed Locality нажимаем Initialize

После некоторого времени вычислений программа разделит срезы на сегменты соответсвтующие цветам масок

Если разделение произошло правильно нажимаем кнопку Apply 

Что бы получить 3д модель из масок нажимаем Show 3d

Осматриваем 3д модель переключив в соответствующий вид

Нажимаем Export to files в выпадающем списке Segmentations

Указываем путь 

Файл выгружен и готов к редактированию в MeshMixer